Nghĩa hội Quảng Nam do Nguyễn Duy Hiệu và Phan Bá Phiến tổ chức. Sau đó Nguyễn Thân dẫn quân triều đình nhà Nguyễn cùng quân Pháp đánh tan tác Nghĩa hội, làm cho Nguyễn Duy Hiệu bị xử tử và Phan Bá Phiến phải tự vẫn để giữ tròn khí tiết. Kể lại chuyện này, nhà chí sĩ Phan Bội Châu viết:

Nguyễn Thân, người Quảng Ngãi, trước cũng dự tên Nghĩa hội, sau phản Nghĩa hội theo Pháp... Đây là tay đầu sỏ nhất trong bọn nô lệ Pháp...(dù) Hiệu, Phiến ở đâu, tất nó hết sức dò la cho ra...

Ở trang nói về công cuộc kháng chiến chống Pháp của Lê Trung Đình và Trần Du, Phan Bội Châu cũng đã phê phán rằng:

Hai ông đều là người Quảng Ngãi, đồng hương với Nguyễn Thân. Thế mà đồng chủng lại không yêu đồng chủng cũng đã là nhẫn tâm, nay lại vác dao cầm giáo vì bọn dị chủng mà giết cho hết đồng chủng của mình mới thôi, thì nhẫn tâm biết chừng nào! [11]

Trước 1975, trong Việt Nam cách mạng cận sử của Phạm Văn Sơn cũng có đoạn:

Nguyễn Thân là người hung ác, hiểm độc lắm và hay giết người. Trong lúc dùng binh, ông giết người ta không biết bao nhiêu mà kể. sau về hưu trí ở làng Thu Xà bị bệnh điên cuồng mà chết. Người ta nói ông bị những oan qủy báo oán. Và tòa nhà lộng lẫy của ông lập ngay trên một trái núi con ở Thu Xà, người ta cũng đồn cái nhà ấy nhiều ma, cho nên khi ông chết đi rồi thì nhà bị bỏ hoang...[12]

Theo Paul Doumer, toàn quyền Đông Dương: Ngay từ phút ban đầu, ông ấy đã có được sự tín nhiệm của tôi. Tôi hoàn toàn tin tưởng, vì An Nam giờ đã ở trong tình hình khác hẳn với thời kỳ trước đó và không có cuộc nổi loạn nào nữa. Nguyễn Thân đã cống hiến cho cả đất nước mình và nước Pháp.[13]